1、有无。何晏、王弼继承老子思想，倡以“无为本说”，认为一切有形的物质存在（有）都源于一个没有任何具体规定性的本体（无），称为贵无论。裴著《崇有论》反对“贵无”思想，肯定作为物质存在的“有”是根本性的，认为贵无贱有必然会“遗制”、“忘礼”，造成社会的混乱。在向秀影响下，郭象作《庄子注》，一方面否认“有生于无”，另一方面也反对裴“始生者自生的”观点，提出“独化”概念，认为“物各自生”，“独化于玄冥之境”。

2、名教与自然。有无的争论引申到社会问题，就形成了名教与自然关系问题的讨论。王弼从“以无为本”出发提出“名教出于自然”，为名教的合理性提出了新的理论根据。向秀主张“以儒道为一”，郭象进而提出名教即自然，自然即名教，有圣人“游外（崇名教）冥内（任自然）”之说。嵇康、阮籍则强调名教不符合人的自然本性，提出“越名教而任自然”，对名教有所否定。

3、言意。言意问题原为易卦的象、辞、义理的关系问题，魏晋学者将其引申为物象、语言与思维、真理的关系问题。王弼发挥《易传》“言不尽意”观点，提出“得象忘言”、“得意忘象”之说。强调对义理的实质的把握，但对言、象的作用缺少充分的认识。而欧阳建则作《言尽意论》反驳，认为“名”用以指“物”，“言”用以明“理”，言与意是一致的。主张言能尽意，但对言、象的局限性认识不足。

4、形神。魏晋南北朝学者继续了先秦、两汉对形神关系的讨论，佛教、道教传播发展的现实，使这一讨论同宗教观念与无神论的冲突相联系，导致了神灭与神不灭之争。佛教主张因果报应说，认为精神不随肉体的毁灭而消灭，即形灭，神不灭；道教主张炼形养神，以达到形不朽神不灭的境界。南朝范缜主要针对佛教的因果报应说和神不灭论展开批判，他著《神灭论》提出“形者神之质，神者形之用”，因此“形之与神不得相异”。