封建地主阶级为加强中央集权和君主专制的统治，在职官制度上确立了中央朝廷的三公九卿制和继续实行地方的郡县制体制。三公包括丞相、太尉和御史大夫，属于朝廷的中枢职官。九卿是指中央朝廷的九个重要官员和官署。三公九卿制为封建社会的专制统治打下了很好的基础，秦汉时期还处于开创与成熟阶段，三公九卿可以形成与皇帝对抗的势力，加上汉代的封王制度一定程度上阻碍了这一制度。所以没能完全实现中央集权。

三省是指中书省、门下省、尚书省，六部是指吏、礼、兵、刑、民、工这六部。封建的职官制度发展到隋唐，确立了三省六部制，这一方面使得那些负责皇帝私人事务的官署和官吏同朝廷的政务机构相脱离而自成系统，进一步加强了封建的中央集权统治。

“官”只决定官员的俸禄、赠官、叙封、恩荫等待遇，被称为正官、本官、寄禄官；另一方面，差遣才是朝廷委派的具体职务和实际权力。比如六部的尚书，如果没有皇帝的特许，不能管本官署的事，工作要由朝廷“差遣”其它官员来担当。官员如果没有朝廷委派的差遣，就只能领俸禄而无事可做了。

洪武十三年（1380年），朱元璋撤消中书省，并规定永不设丞相，于是一切政务统归六部，由皇帝直接辖制。因政务繁多，朱元璋从翰林院等文翰机关指派官员加殿阁大学士衔，协助皇帝阅看奏章、草拟诏旨。内阁制就在这种情况下诞生。明朝宦官机构有四司、八局、十二监，其中司礼监的秉笔太监可代替皇帝用朱笔批示奏章公文，这叫作批红。这种做法为宦官弄权提供了方便。为此，内阁辅臣们往往也要俯首听命于宦官。

军机处成立之初是为了直接转达皇帝旨意，省去内阁复杂的手续且不易泄密。后来职权扩大为参预全部军国大政。由于军机处转达皇帝旨意、处置政务效率高，使得皇权专制达到最高峰，所以尽管它不是正式官署，却一直保留下来，并在清朝历史中发挥了重要作用。